Desenho de primers in silico para o gene 16S rRNA
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Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Piauí
Resumo
O gene 16S rRNA, é o mais útil para estabelecer relacionamentos distantes, por causa de seu alto conteúdo de informações, e de sua natureza conservadora para a distribuição universal, pois trata-se de um componente altamente conservado, sendo extensivamente utilizado para identificação de gêneros, espécies, e definições taxonômicas de bactérias e arquéias. Graças a sua taxa de conservação, e seu número pequeno de variações entre suas espécies, sua taxa de modificação é estimada em nove zonas hipervariáveis, que contêm dados taxonômicos consideráveis, sendo assim ideal para a filogenia. Os marcadores moleculares têm demonstrado uma grande importância em procedimentos de melhoramento genético. Neste trabalho foi utilizado o método de desenho de primers in silico, e as programas de bioinformática, voltadas para o alinhamento genético, foi desenhado e validado um conjunto de primers, entre as regiões de interesse do gene estudado, localizadas entre V2, V3 e V4 do gene 16S rRNA, com as informações genéticas de 33 gêneros de bactérias distintas, subdivididas e classificadas em dois grupos, gram positivo e gram negativo, Os resultados obtidos nas análises foram, dois primers com cobertura de consulta entre 100% e 81%, o par de primer ELY-1Fx ELY-R1, foi escolhido, por sua pontuação, por apresentar bases degeneradas e obter um maior número de gêneros e espécies e, foi eficaz na identificação dos organismos para a região V3, do gene 16S.
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Keywords
Genética - marcadores moleculares, Gene 16S rRNA, Bioinformática